He visto varios tutoriales sobre SEPARACIÓN DE COLORES para presentar un trabajo a una gráfica, y en todos he observado que al eliminar los colores que “no sirven” en cada capa, se los transforma en BLANCO.
Ejemplo: si presento un trabajo que lleva Negro, Rojo y Amarillo, en la capa del Amarillo selecciono el Negro y el Rojo y los “pinto” de blanco; en la del Rojo selecciono Amarillo y Negro y les doy Blanco; lo mismo en la capa de Negro, transformo en Blanco los otros dos colores. Porqué es así? Me pregunto: no es lo mismo ELIMINARLOS en lugar de darles color Blanco?
Desde ya muchas gracias a quienes respondan.

No sé qué tutoriales hayas visto, pero pintar de blanco o eliminar los colores para imprimir es un disparate. Al imprimir eliges "Seperaciones y ya lo hace todo automaticamente y con 100% de exactitud, incluso puedes agregarle marcas de corte, de registro, y extension automatica para que los colores registren mejor entre si. Una separacion manual solo seviria para casos muy especificios, como cortar vinilo en un plotter.

Un detalle importante a tener en cuenta es que si quieres hacer una separacion en rojo, amarillo y negro, el trabajo debe hacerse en rojo, amarillo y negro. Me refiero a que deben ser tintas directas, no CMYK (y por supuesto, nunca RGB). Si, parece muy obvio, pero si lo haces en CMYK el rojo se dividira en magenta y amarllo. Lo mas simple sería usar tres colores Pantone, por ejemplo, Pantone Red 032, Yellow (Amarillo) y Process Black (negro). En el caso del amarillo y negro, da igual que sean pantone o CMYK

No, lo de los colores lo sabía, y sé que paletas usar; puse eso solo como un ejemplo.
En cuanto a la separación de colores ya me quedó mucho más claro con tu respuesta asi que te agradezco tu ayuda, Ariel. Abrazo.