En esos casos lo primero es pasar un BUEN antivirus. Hay numerosos antivirus que se pueden ejecutar online, sin necesidad de bajarlo ni comprarlo, incluyendo Norton, Panda, NOD32, Kaspersky y otros. Yo uso Avira, que ademas de ser gratis es muy potente y consume pocos recursos del sistema. Tambien recomiendo Malwarebytes, que si bien no es un antivirus propiamente dicho, elimina infecciones de programas no deseados, que muchas veces son peores que un virus
Lo primero es analizar el pendrive El problema es que ya hayas formateado el disco duro, ya que habia mas posibilidades de recuperar la informacion desde alli, ya que el virus afectó los archivos, al copiarlos a otra ubicacion pueden haber quedado inutilizables
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