Efectivamente, tienes razon. El PDF X/3 es probablemente el standard mas utilizado en impresion, pero ya tiene unos cuantos años y fue desarrollado en base a verisones antiguas de Acrobat, y por tanto convierte las transparencias en mapas de bits y divide los mapas de bits grandes en varias partes. Eso no es un problema en la mayoria de los casos, ya que el resultado es visualmente igual, pero en ocasiones el resultado es diferente de lo esperado. Y en particular, si hay que corregir o modificar algo desde el PDF (usando Acrobat) no es posible. SIn embargo, la solucion es muy simple: Al publicar como PDF, elige PDF X/3 y luego selecciona "compatibiildad con Acrobat 9.0" (la version X8 incluye compatibilidad con Acrobat DC, que es la version mas reciente de Acrobat). Ello es suficiente para solucionar cualqueir problema con transparencias y lentes

No todo el mundo tiene la ultima version de Acrobat, por lo que te recomiendo usar compatibilidad con Acrobat 9.0 para mayor seguridad.

Ok, lo haré con Acrobat 9.0 / cuando lo selecciono, la casilla anterior de preestablecido de pdf, se cambia a "personalizado" supongo que es normal

y en la pestaña de "objetos" debo desactivar la casilla "escala de grises o la dejo marcada"?

Desde el momento en que cambias alguna configuracion (agregar marcas de corte, por ejemplo) ya pasa a ser personalizado. Puedes guardarlo con un nuevo nombre para que ya te quede guardado.
Es lo mismo, porque si no tienes ningun mapa de bits en escala de grises no va a cambiar nada