Citar:
El problema lo tengo con el texto negro, siempre marco la opción de sobreimprimir el relleno con este texto
La pregunta es si te refieres a que aplicas sobreimprimir relleno en el objeto (con el boton derecho, por ejemplo) o si lo aplicas al hacer el PDF. Por tu descripcion, y por la analogia con X3, supongo que es lo primero. Al hacer el PDF, en la pestaña de color, tienes la opcion de conservar las sobreimpresiones o no, y de sobreimprimir el negro (aunque no este marcado en el objeto). Cabe recordar que la configuracion del PDF puede reemplazar a las del documento, es decir si estan indicados objetos con sobreimpresion y no se activa "conservar las sobreimpresiondes del documento", las mismas se anulan. Y a la inversa, si se indica sobreimprimir negro aunque no este indicado en los textos o en los objetos, se aplicará igual. Si utilizas una configuracion estandar como PDF X/3 ya vendrá seleccionado por defecto.